Hueypoxtla se localiza a los paralelos 19º49'50" y 20º04'44" de latitud norte; a los 98º55'55" y 99º08'35" de longitud oeste.
Esta integrado en tres partes geográficas, la mayor se ubica precisamente al norte del distrito de Zumpango, otra parte al noreste del municipio de Tequixquiac, precisamente por donde se encuentra la hacienda de San Sebastián y la otra al norte del municipio de Huehuetoca y oeste del municipio Tequixquiac donde se localiza el rancho El Cenicero.
Hueypoxtla se encuentra a 128 kilómetros aproximadamente de la ciudad de Toluca de Lerdo, a 78 kilómetros aproximadamente de la ciudad de México y a 13 kilómetros de la cabecera de distrito de Zumpango.
La altura aproximada sobre el nivel del mar de la cabecera municipal es de 2,260 metros, mientras que el resto del municipio cuenta con una altitud de 2,335 metros sobre el nivel del mar.
Limita al norte con los municipios de Ajacuba y San Agustín Tlaxiaca pertenecientes al Estado de Hidalgo; al oriente con los municipios de Tolcayuca y Tizayuca de ese mismo estado; al sur con el municipio de Zumpango; al poniente con los municipios de Apaxco y Tequixquiac, Estado de México.
Su extensión territorial tiene una superficie de 233.91 kilómetros cuadrados la cual representa el 1.15 % respecto al total del territorio del Estado de México.
El sistema de topoformas esta integrado por un 35% de sierras que se localizan al este, noreste y noroeste del municipio; un 50% de lomeríos de colinas redondeadas con cañadas y el 15% restante es de llanuras. Hacia el nordeste se alzan los cerros El Rosal, Las Cruces, Las Lajas, El Picachito y otros que oscilan entre los 2,650 y 2,850 metros sobre el nivel del mar, siendo su parte más alta el cerro del Picacho que alcanzan una altura de 2,910 metros sobre el nivel del mar aproximadamente; este cerro se encuentra al norte del municipio.
El río denominado Salado, tiene su inicio en el lado este de la Villa de Hueypoxtla, es alimentado en épocas de lluvia por los escurrimientos pluviales; se interna por Tlapanaloya, comunidad perteneciente al vecino municipio de Tequixquiac, para proseguir rumbo al norte hasta internarse en el río Tula, el cual se convierte en afluente indirecto.
El clima que predomina en Hueypoxtla esta clasificado como templado semiseco con lluvias en verano.
La precipitación media anual oscila, en el área norte entre 500 y 600 milímetros, mientras que en el lado sur, entre 600 y 700 milímetros.
La lluvia máxima en 24 horas es de 41.9 milímetros aproximadamente, el número aproximado de días de lluvia es de 60 a 70 durante todo el año, los días despejados 173, días nublados 33 aproximadamente.
La frecuencia de granizadas es de 0 a 2 días en el sur, de 2 a 4. Respecto a las heladas, en todo el municipio se registran entre 40 a 50 aproximadamente durante todo el año. Los vientos dominantes provienen del norte.
Por el tipo de clima en Hueypoxtla y sus particulares condiciones de terreno, no existe gran variedad, sin embargo podremos encontrar lo siguiente:
El municipio de Hueypoxtla pertenece a la era Cenozoica con rocas de tipo sedimentarias del período terciario que consiste en depósitos clásico continentales y conglomerados, brechas con una parte de tobas.
La mayor parte del suelo es tepetatoso un tanto pedregoso, existen los de textura suave de color negro, gris, café y rojizo.
La superficie total del municipio es de 24,695.30 hectáreas de las cuales y respecto a lo agrícola 12,138.50 son ocupadas para siembra de temporal, 980 de riego, 303.90 se encuentran ociosas. Respecto al uso pecuario extensivo son 7,518.60 hectáreas, de forestal arbustiva son 151.40, urbanizadas 1,390.60, erosionadas 841, ocupadas por cuerpos de agua 1,330 y 1,358 para otros usos.
Árboles comunes, casuarina, trueno, pino, pirúl y fresno, frutales: durazno, capulín, tejocote, higuera, breva, granado, morera, chabacano, perón, zapote negro y blanco entre otros.
Especies tales como: maíz, frijol, haba, avena, cebada, quelite, nopal, calabaza, chayote, trigo, verdolaga, plantas medicinales: sávila, cedro, peshtó, siempreviva, manzanilla, ajenjo, gordolobo, epazote, yerbabuena, marrubio, ruda, estafiate; plantas de ornato: alcatraz, gloria, plúmbago, geranio, rosa en diferentes colores, azucena, mastuerzo, violeta, clavel, lirio, gladiola, rosa de castilla, buganbilla entre otras.
Cactáceas: mezquite, escobilla, huizache, cardo, órgano, biznaga; de las plantas industrializables de manera preferente figura el maguey, que es abundante en la región.
Respecto a la fauna, al no haber bosques en la región, es bastante escasa entre otros animales más comunes encontramos: conejo, ardilla, liebre, tuza, zorrillo, cacomixtle, tlacuache, ratón, lagartija, camaleón, onza y ratas.
Entre las aves figuran: los cachalotes, chillones, salta pared, perdiz, golondrina, cuervos, calandrias, colibrí, tocorracas, codorniz, lechuza, gorrión, zenzontle, búho, canario, huitlacoche, cholla, verdugo, correcaminos, garza blanca y zopilotes.
Insectos como: chapulín, grillo, escarabajo, pinacate, tejocote, mayate, catarina, luciérnaga, avispa, abejas, mosca, mosquito, oruga, entre otros.
De los arácnidos: alacrán, tarántula, diferentes tipos de hormiga, así como de arañas. En algunos cerros situados al norte del municipio se puede encontrar víbora de cascabel y la llamada hocico de puerco; en los lomeríos que se encuentran en condiciones secas y pedregosas suelen hallarse la araña capulina; en las partes húmedas encontramos cien pies, así como variedad de batracios.
La fauna acuática es escasa ya que sólo en épocas de lluvia se encuentran ajolotes, ranas, sonfos, sapos y culebras de agua en los aljibes y jagüeyes.
La fauna doméstica se compone regularmente de perros y gatos, mencionamos también al burro, caballo, yegua, buey, toro, puercos, vacas, chivos, borregos, gallos, gallinas, guajolotes y patos.